پس از مرگ یزدگرد سوم در سال 31 هجری قمری . زمینهای ایران مشمول حکم فقه اسلامی واقع شد ؛ اما از سده های نخست از تاریخ ایران اسلامی ، اطلاعاتی که گویای وضعیت وقف در ایران باشد ، وجود ندارد . در ایران بعد از اسلام از همان ابتدا برخی زمینهای فتح شده به دست اعراب در زمرۀ اموال وقفی به شمار می رفت ؛ البته برخی معتقدند اصطلاح ((وقف)) دربارۀ آن زمینها در آن دوره به معنای مصطلح امروزی نیست ؛ بلکه به این معنی است آن زمینها براساس موازین فقهی ، زمینهای مفتوح العنوه ، مملوک مسلمین به شمار می آید و تنها در صورت ایجاد اعیانی در آن ، قابل انتقال خواهد بود .
گسترش یافتن اوقاف در ایران ، باعث شد در قرن چهارم هجری قمری ، یعنی دورۀ حکومت آل بویه ، دیوان اوقاف با هدف سامان دادن نظارت بر کلیۀ شئون وقف تشکیل داده شود . در دورۀ فرمانروایی سلاجقه هم وقف گسترش بسیار یافت و متولیان اوقاف ، هر چه بیشتر تحت نظارت تشکیلات حکومتی درآمدند .
یکی از مهمترین جلوه های موقوفات این دوره را در مدارس نظامیه می توان دید ؛ به طوری که جمع موقوفات این مدارس به شصت هزار دینار می رسید . در دوره ی ایلخانان ، بسیاری از موقوفات را خانهای مغول تصرف کردند . مجموعۀ ساختمانهای ربع رشیدی که در دوران غازان ساخته شد ، از جمله موقوفات برجسته در دورۀ ایلخانان محسوب می شود .
توسعۀ موقوفات در ایران و جهان اسلام ، در حال افزایش بود و در دوره های تیموری و صفویه به منتهای درجه رسید ؛ چنان که بسیاری از موقوفات بزرگ در اصفهان ، خراسان ، اردبیل ، تبریز و شیراز از بقایای این دو دوره است . در دورۀ صفویه دامنۀ وقف گسترش بیشتری یافت ؛ به حدی که در شهرهایی همچون اصفهان ، زمین پهای اندکی برای وقف کردن باقی مانده بود و واقفان به شهرهایی دیگر همچون یزد و کرمان روی آورده بودند ، البته مصارف موقوفات و ساختمانهای وقفی در دوره صفویه که تشیع جانشین تسنن شد ، تغییرهایی گاه عمده یافت و حتی خود شاهان هم موقوفات زیادی داشتند ؛ به ویژه شاه عباس اول که دوران حکومت او عصر اوج گسترش موقوفات به شمار می رود . درآمد حاصل از موقوفات ، بیشتر در امور اجتماعی صرف می شد و به دلیل این گسترش روزافزون ، سازمانی وسیع هم تنظیمات و تشکیلات موقوفات را در اختیار گرفت .
در دورۀ افشار ، درآمد و عمدتاً عواید بسیاری از زمین های وقفی به انضمام املاک خالصۀ حکومتی در امور لشکری صرف شد .
در عصر قاجار نیز وقف از اهمیت بسیار برخوردار بود ؛ چنانکه در نظام سنتی این حکومت ، اغلب نهادهای مدنی در قالب وقف و متکی بر نظام وقفی عمل می کردند این نظامی که از یک سو به صورت غیردولتی و از سوی دیگر ، پس از اجرای صیغۀ وقف به صورت غیرخصوصی ، عهده دار فعالیتهایی می شد .
در دوره قاجار ، اوقاف نه تنها از مالیات معاف بودند ، بلکه در یک دوازدهم از درآمد حاصل از مالیاتهای دولت سهیم می شدند . در این دوره ، نظام حاکم بر ادارۀ مدارس ، مبتنی بر وقف بود .
پس از این دوره هم تا آستانۀ انقلاب مشروطه ، وضع اوقاف دچار آشفتگی بود و گاه برخی اقدامات اصلاحی همچون اقدام میرزا حسین خان سپهسالار صورت می گرفت ؛ اما به دلیل ویرانی های زیربنایی و تداوم نداشتن سیاستهای اصلاحی ، راه به جایی نمی برد . شالودۀ اداری تشکیلات اوقاف از زمان تشکیل دولت صفویه آغاز شد و در آن دوره برای هر یک از مقامات کشوری و لشکری ، وزیران و مستوفیان ، مسئولی تعیین و ادارۀ امور اوقاف به یکی از بزرگان که هم جنبۀ روحانی و هم جنبۀ دیوانی و اداری داشت ، واگذار شد اما آغاز ایجاد تشکیلات اوقاف در ایران به طور قطع پس از استقرار مشروطیت و به دنبال وضع قانون تشکیل ((وزارت معارف و اوقاف و صنایع مستظرفه)) در مجلس شورای ملی است . به دنبال ورود اسلام به ایران وقف در کتب تدوین شد و صورتی جدی یافت . پس از انقلاب مشروطه نیز در قانون مدنی ایران که مقتبس از فقه اسلامی است ، درباره ی وقف به صورت خاص سخن گفته و مواد قانونی ، آیین نامه ها و مقرراتی برای آن تنظیم شد . در قانون اساسی ، ادارۀ کل اوقاف ، زیرمجموعۀ وزارت معارف و اوقاف محسوب می شد . در سال 1313 قانون اوقاف ، مشتمل بر 10 ماده از سوی مجلس شورای ملی تصویب شد بدین ترتیب تا سال 1328 ادارۀ اوقاف همراه اداره های فرهنگ بود و ریاست هر دو را یک نفر بر عهده داشت ؛ ولی از آن زمان به دلیل گسترش دامنۀ فعالیت هر دو اداره آنها از هم تفکیک شدند . در ماجرای اصلاحات ارضی ، زمینهای مزروعی نیز در قانون اوقاف مورد نظر واقع شد . تا سال 1344 که اوقاف به صورت سازمانی مستقل درآمد ، آماری از موقوفات کشور وجود نداشت و در پی تأسیس این سازمان و به مرور زمان ، اوقاف کشور به سامانی مشخص رسیدند . در سال 1354 هجری شمسی هم قوانین جدیدی دربارۀ اوقاف وضع شد که تا زمان پیروزی انقلاب اجرا می شد . پس از پیروزی انقلاب اسلامی در پی گسترش یافتن تشکیلات و وظایف جدید سازمان اوقاف ، عملکرد موقوفات وارد مرحله ای کاملاً جدید شد و در سال 1363 به دنبال تلفیق دو سازمان ((حج)) و ((زیارت)) و تشکیل شدن سازمان حج و اوقاف و امور خیریه ، سازمان دهی فعالیتهای آن گسترده تر از قبل شد .